Dibawah asuhan KH Mohammad Thoha selaku pendiri dan pengasuh Pondok Pesantren Baitul Maqdis sekaligus pembina Masjid jami’ Umar Bin Khottob, juga mendirikan beberapa masjid di wilayah Malang Raya. Pendirian Masjid tersebut bekerjasama dengan warga setempat sehingga warga ikut merasa memilikinya. Masjid tersebut adalah :
- Masjid Sayyidah Khodijah, Dusun Banaran Kec. Ngajum Kabupaten Malang
- Masjid Izdihar Abu Said, Desa Puworejo Kec. Donomulyo Kabupaten Malang
- Masjid Maisha Amin, Desa Jatikerto Kec. Kromengan Kabupaten Malang
- Masjid Al Walidain Sholih, Desa Karangduren Kec. Pakisaji Kab. Malang
- Masjid Jami’ Az-Zahrah, Dusun Sumberejo Desa Sumberoto Kec. Donomulyo Kab. Malang